倒置荧光显微镜和拥有正置荧光显微镜的特点外还具备倒置生物显微镜的特点,倒置荧光显微镜倒置生物显微镜在光学系统上颇有异曲同工之处,只是倒置荧光显微镜拥有独立的荧光系统,激发光从物镜向下落射到标本表面,被反射到物镜中并聚集在样品上,样品所产生的荧光以及由物镜透镜表面、盖玻片表面反射的激发光同时进入物镜,经双色束分离器使激发光和荧光分开而成像。物镜和聚光镜的工作距离很长,能直接对培养皿中的被检物体进行显微观察和研究。适用于土壤微生物培养实验,具有在培养瓶或培养皿内进行显微观察的特点,可以观察不经染色的透明活体。特别适用于对活体细胞和细胞离体培养等显微观察。